Attenzione! Possibilità di spoiler se continuate a leggere!
La serie animata è ambientata in seguito agli eventi dei primi due film del franchise Pacific Rim.
I protagonisti di "Pacific Rim - La zona oscura.
L'Australia Centrale vede l'apertura di numerose brecce, come quelle che negli anni passati in molte zone del mondo hanno visto l'apparizione di Kaiju, i titanici mostri inviati dalla razza aliena dei Precursori per conquistare la Terra.
Con l'aumento dei morti, il marshall Rask della Pan Pacific Defense Force dà l'ordine di evacuazione per la popolazione, distruggendo tutto ciò che di valore deve rimanere indietro.
I piloti dello Jaeger Hunter Vertigo, Ford e Brina, depositano i loro figli Taylor e Hayley in un villaggio di sopravvissuti nei pressi del Bacino Oscuro, in attesa che i genitori tornino da Sidney dopo avere trovato i soccorsi.
Qualcosa non va per il verso giusto e passano 5 anni. I sopravvissuti organizzano una spedizione, ma Taylor non vuole che lui e Hayley partecipino, siccome crede ancora che i genitori possano tornare e si sente in dovere di proteggere la sorella.
Sull'orlo del bacino, Hayley trova Atlas Destroyer, uno Jaeger dismesso ma ancora operativo, guidato dall'intelligenza artificiale Loa. La PPDC aveva tentato di distruggerlo non reputandolo abbastanza prezioso da tentare un recupero.
Loa le fornisce un addestramento per guidare il mecha, che la ragazza ignora in gran parte. Per guidarlo occorre un copilota con il quale eseguire il drift, l'unione mentale virtuale che serve per pilotare simili imponenti mezzi. A questo scopo coinvolge anche Taylor che ha già un addestramento da pilota cadetto.
L'attivazione di Atlas Destroyer purtroppo richiama Copperhead, un kaiju di livello 4 detto anche "jaeger destroyer" per via delle sue numerose vittorie. Questo aggredisce il bacino e stermina tutti gli abitanti a eccezione dei due fratelli.
Taylor e Hayley riescono a compiere una stretta di mano neurale e a muovere Atlas Destroyer, ma non riescono a salvare i loro compagni: ora Hayley deve convivere col pensiero di avere provocato lei la morte dei suoi amici, avendo attirato il mostro.
I ragazzi si recano a Meridian City per trovare batterie per il loro mezzo. Qui vengono attaccati da kaiju simili a segugi. In una struttura della PPDC trovano un ragazzo collegato a una batteria.
Hayley decide di liberarlo e lo ribattezza Boy. Il giovane non sembra in grado di parlare e si unisce al duo.
In seguito vengono scoperti e catturati da alcuni ladri di uova di Kaiju. Vengono portati al loro accampamento, Bogan, e scoprono che essi le rivendono a un culto di Sorelle sulle colline.
Mei si dimostra abbastanza materna verso di loro, ma il suo capo Shane è un gangster spietato, perciò legge la mente di Taylor utilizzando una sorta di drift di cui è in possesso.
Shane intende appropriarsi di Atlas Destroyer e tenta di avviare un drift con i suoi incaricati, fallendo.
Il tentativo richiama però Copperhead e per affrontarlo Taylor e Mei sono costretti a eseguire il drift, che porta alla luce il di lei passato alla base di prigionia e di addestramenti spietati a opera di Shane. I due riescono ad allontanarsi dal Kaiju facendo esplodere un campo minato, tentativo che danneggia il mecha.
Shane intende quindi eliminare i due ragazzi, ma Mei prende le loro difese, eliminando il sicario incaricato di farli fuori. Questa ha scoperto inoltre che Shane - che credeva averla presa come figlia adottiva per rimpiazzare la famiglia che aveva perso - le aveva mentito con ricordi fasulli.
Taylor, Hayley, Boy, Mei e un tecnico fuggono a bordo dell'Atlas Destroyer, ma questi viene ucciso a distanza da Shane come ripercussione, e per fare sentire Mei del tutto abbandonata.
Il gruppo incappa in una serie di brecce dalle quali penetrano i kaiju dall'altra dimensione.
Vengono in contatto con Apex, un bellicoso ibrido Jaeger-Kaiju sopravvissuto agli eventi del film "Pacific Rim - La rivolta" ed evolutosi diventando un cacciatore sia di mecha sia di mostri.
Inaspettatamente, Boy mostra la capacità di connettersi a esso e lo convince a non attaccarli.
Addirittura, Apex dona loro un braccio per sostituire quello perso, dotato di ancora maggiore forza.
A Clayton City trovano la carcassa di Hunter Vertigo e da una registrazione apprendono che i loro genitori sono stati costretti ad abbandonare il mecha, non riuscendo ad avvertire i soccorsi.
Copperhead si ripresenta e ingaggia una dura battaglia con Atlas Destroyer: quando lo Jaeger sta per soccombere, Boy si trasforma in un enorme kaiju in grado di affrontare l'avversario e lo sfida, venendo però atterrato.
Hayley riesce a sbloccare l'ordigno atomico del mecha e a farlo lanciare nel foro creato nel petto di Copperhead, facendolo esplodere.
Risulta così evidente che i Precursori sono stati capaci di creare un kaiju come Boy donandogli un aspetto umano. Nel frattempo, il culto delle Sorelle apprende della venuta del "messia kaiju" che stavano aspettando...
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